Ada satu alasan yang jelas untuk tetap menggunakan PHP 5.2 dibandingkan dengan versi baru 5.3, yaitu karena beberapa fungsi telah ditiadakan di versi 5.3 sedangkan sistem-sistem lama masih banyak yang menggunakannya. Ini daftar fungsi-fungsi yang sudah dihilangkan, dan kebanyakannya masih sangat penting digunakan dibeberapa sistem.